工程预付款起扣点的依据要根据不同情况，不同计算方式，如果是没有完成施工的工程，起扣点就是工程预付款的金额，完成达到一定比例后，就可以采用等比率或者是等额扣款的方式来计算，工期短价格比较低的就不需要考虑起扣点。
工程预付款的累计金额到达双方约定的一定比例时，可以分期抵扣，也可以根据实际情况具体分析；还有一种是从还没有成施工的工程，所需要的材料的价值相当于工程预付款的时候开始起扣，每次结算工程款时，按材料的比重抵扣预付款，在完工之前全部扣完。
工程如果有欠款的纠纷，要对逾期或是其他情况进行保留证据，一旦出现逾期付款，要及时提出索要款项，如果实在没有办法，也可以提起诉讼，保留的证据就可以在诉讼中起到关键的作用。